تشكلت مع بداية عمل المجلس الأول وفقا لقطاعات وتخصصات عمل محددة وقد بلغ عدد هذه اللجان في المجلس الأول 11 لجنة برلمانية وهي (لجنة القدس، اللجنة القانونية، لجنة الموازنة والشؤون المالية، اللجنة الاقتصادية، لجنة المصادر الطبيعية والطاقة، لجنة شؤون اللاجئين والفلسطينينين بالخارج، اللجنة السياسية، لجنة الرقابة العامة، لجنة التربية والتعليم والقضايا الاجتماعية، لجنة الداخلية والامن والحكم المحلي، لجنة الأراضي ومقاومة الاستيطان). وأضاف المجلس في دورته الثانية لجنة شؤون المجلس لتصبح اللجنة الثانية عشرة. ونتيجة للعبء الملقى على عاتق هذه اللجان قام المجلس التشريعي الثاني في جلسته المنعقدة بتاريخ 19/4/2006 بتعديل عدد اللجان الدائمة لتصبح 14 لجنة حيث تم تجزئة لجنة الداخلية والحكم المحلي الى لجنتين هما لجنة الداخلية والامن ولجنة الحكم المحلي، وتجزئة لجنة التربية والقضايا الاجتماعية الى اللجان التالية: لجنة التربية وتشمل (التربية والتعليم، الثقافة، الاعلام، الشؤون الدينية، الاثار)، لجنة القضايا الاجتماعية وتشمل (الشؤون الاجتماعية، الصحة، العمل والعمال، الطفولة، الشباب، المرأة) ولجنة الشهداء والاسرى والجرحى والمقاتلين القدامى.

ويعتبر المجلس التشريعي الفلسطيني مجلس لجان فهو يعطي أهمية كبيرة للجانه في العمل البرلماني إذ تتحكم اللجان بعملية دراسة مشاريع القوانين وإدخال التعديلات المطلوبة عليها قبل عرضها على الجلسة العامة، كما أن معظم العمل الرقابي على أعمال السلطة التنفيذية تجري داخل اللجان ومن خلال أدواتها ممثلة بالاجتماعات الدورية وجلسات الاستماع ولجان تقصي الحقائق المنبثقة عنها، ودراسة الموازنة والحساب الختامي ومتابعة الشكاوى ذات البعد العام، والزيارات الميدانية، وحقها في طلب المعلومات من كافة الجهات الحكومية وتقديمها التقارير الرقابية كل في مجال اختصاصها.

وفقاً لاحكام المادة (48) من النظام الداخلي تتشكل لجان المجلس من 11 لجنة برلمانية دائمة هي

لجان المجلس التشريعي الفلسطيني الدائمة
	لجنة القدس
	لجنة الأراضي ومقاومة الاستيطان والجدار
	لجنة الشهداء والأسرى والجرحى والمقاتلين القدامى
	اللجنة القانونية
	لجنة الموازنة والشؤون المالية
	لجنة الداخلية والأمن
	لجنة الحكم المحلي
	لجنة المصادر الطبيعية والطاقة (المياه، الزراعة، الريف، البيئة، الثروة الحيوانية، الصيد البحري)
	اللجنة الاقتصادية (الصناعة، التجارة، الاستثمار، التموين، السياحة، التخطيط)
	لجنة شؤون اللاجئين (اللاجئين، النازحين، المغتربين الفلسطينيين)
	اللجنة السياسية (المفاوضات، العلاقات العربية والدولية)
	لجنة الرقابة لحقوق الإنسان والحريات العامة
	لجنة التربية ( التربية، التعليم الثقافة، الإعلام، الشؤون الدينية، الآثار)
	لجنة القضايا الاجتماعية (الشؤون الاجتماعية، الصحة، العمل والعمال، الطفولة، الشباب، المرأة)

وفقا لأحكام المادة 48/ 4 من النظام الداخلي، يستطيع المجلس أن يشكل لجاناً خاصة (مؤقتة) لأغراض آنية أو دائمة ولأهداف محددة. حيث يقوم بتشكيلها بعدد من أعضاء المجلس ويتحدد عملها وصلاحياتها في ضوء القضية المشكلة لأجلها. وقد تكون هذه اللجان للبحث والتدقيق، أو تقصي الحقائق وتقييم حالات، أو مراجعة قضايا أحالها المجلس إليها. وينتهي عمل هذه اللجنة بانتهاء عملها.