جرت العادة أن يقوم المجلس التشريعي وتطبيقاً لنظامه الداخلي بانتخاب مكتب هيئة الرئاسة، الذي يتكون من رئيس المجلس ونائبيه وأمين السر، وذلك في الجلسة الأولى من بداية كل دورة برلمانية ومدتها عام كامل، وتتم عملية انتخاب مكتب هيئة الرئاسة بالاقتراع السري وبالتتالي رئيس المجلس، ثم النائب الأول للرئيس، فالنائب الثاني، ثم أمين سر المجلس كل على حده.
وقد انتخب في الدورة الأولى لرئاسة المجلس الأخ أحمد قريع " أبو علاء " وأعيد انتخابه في الدورات الأربع اللاحقة، وانتخب الأخ ناهض الريس في الدورتين الأولى والثانية لمنصب النائب الأول للرئيس، وانتخب الأخ إبراهيم أبو النجا لهذا المنصب في الدورات الثالثة والرابعة والخامسة، وفاز الأخ متري أبو عيطة بمنصب النائب الثاني لرئيس المجلس في الدورات الثلاث الأولى. وفي نهاية الفترة الأولى من الدورة الثالثة انتخب د. غازي حنانيا لهذا المنصب وأعيد انتخابه في الدورة الرابعة والخامسة نائباً ثانياً للرئيس، أما منصب أمين السر فقد فاز به في الدورات الخمس الأخ روحي فتوح.

ألية عمل المجلس

أقر المجلس عبر نظامه الداخلي آلية عمل داخلية محددة وتنص على ما يلي:
يعقد المجلس دورة سنوية تقسم إلى فترتين. مدة كل فترة أربعة أشهر، وتبدأ الفترة الأولى في الأسبوع الأول من شهر أذار والثانية في الأسبوع الأول من شهر أيلول. وقد يدعو رئيس المجلس إلى جلسة استثنائية بناءً على طلب مجلس الوزراء أو ربع عدد أعضاء المجلس. يتم في بداية كل دورة جديدة إعادة انتخاب مكتب رئاسة المجلس، وذلك بموجب الاقتراع السري المباشر.
جلسات المجلس علنية تعقد مرتين في الشهر، كما يتم عقد جلسات سرية في حالات خاصة بناءً على طلب من رئيس السلطة الوطنية الفلسطينية، أو رئيس المجلس بموافقة ثلث الأعضاء.
يتحقق النصاب القانوني بحضور غالبية الأعضاء، وتتخذ القرارات بأغلبية أصوات الحاضرين.
هذا ويعقد المجلس جلساته في مقريه في كل من رام الله وغزة.